다주택자가 조정대상지역에 소재하는 주택을 양도하였는데 2009.03.16.부터 2012.12.31. 중에 취득한 주택인 경우 중과세율과 장기보유특별공제가 적용되는지 여부

다주택자가 조정대상지역에 소재하는 주택을 양도하였는데 2009.03.16.부터 2012.12.31. 중에 취득한 주택인 경우 중과세율과 장기보유특별공제가 적용되는지 여부

 

 

 

 

 다주택자가 조정대상지역에 소재하는 주택을 양도한 것이 2009.03.16.부터 2012.12.31. 기간 중에 취득한 주택인 경우 중과세율과 장기보유특별공제가 적용에 대한 논란이 있습니다.

 

 부칙 규정에서는 단기양도를 제외하고 기본세율을 적용한다고 명시되어 있습니다. 그런데 다주택자가 조정대상지역에 소재하는 해당 주택을 양도한 것은 중과세율을 적용해야 한다는 기획재정부의 예규가 나왔습니다. 그래서 납세자는 부칙 규정에 따라 중과세율이 아닌 기본세율을 적용해야 한다고 조세불복을 하였고 이후 행정소송을 제기하여 납세자가 승소했습니다(수원고등법원-2022-누-13943, 2023.06.21.).

 

 작년에 중과세율 적용에 대한 기획재정부에 예규에 나왔습니다. 해당 주택이 다주택자 중과세율 적용대상이지만 해당 부칙 규정에 따라 단기양도를 제외하고 기본세율을 적용한다고 예규를 발표했습니다.

 

 그런데 다른 한가지 의문이 있습니다. 해당 주택을 3년 이상 보유한 경우 장기보유특별공제 적용이 가능한지 여부입니다. 최근 기획재정부의 예규는 장기보유특별공제를 적용하지 않는다고 발표했습니다.

 

 다주택자가 2년 이상 보유한 조정대상지역에 소재하는 주택을 양도하는 것은 중과세율 적용대상에 해당하는데, 해당 주택이 부칙 규정이 적용이 되어 중과세율 대신 기본세율이 적용됩니다. 그러나 주택의 장기보유특별공제 요건은 3년 이상 보유해야 하고, 다주택자 중과세율에 해당하는 주택이 아니어야 합니다.

 

 기획재정부의 예규는 양도한 주택이 다주택자 중과세율에 해당하는 주택이지만 부칙 규정이 적용되어 세율을 기본세율로 적용되는 것이지, 다주택자 중과세율에 해당하는 주택인 것은 변함이 없기에 장기보유특별공제 요건을 미충족하는 것으로 해석하지 않았나 생각합니다.

 

 

● 기획재정부 재산세제과-1422, 2023.12.26.

[질문] 다주택자가 ’09.3.16.～’12.12.31. 중 취득한 주택을 ’18.4.1.이후 양도 시 중과 여부

[요약] 다주택자가 ’09.3.16.～’12.12.31. 중 취득한 주택을 ’18.4.1. 이후에 양도(조정대상지역 내 소재)한 경우 법률 제9270호 부칙 제14조 제1항에 따라 소득세법 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하는 것임

 

● 기획재정부 재산세제과–477, 2024.04.17.

[질문] 다주택자가 ’09.3.16.～’12.12.31. 중 취득한 주택을 조정대상지역 지정 후 양도 시 장기보유특별공제 적용 여부

[요약] 다주택자가 ’09.3.16.～’12.12.31. 중 취득한 주택을 조정대상지역 지정 후 양도 시 장기보유특별공제 적용 불가

 

 

소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액)

②제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

 

소득세법 제104조(양도소득세의 세율)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 

부칙 <제9270호, 2010.12.27.개정분>

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.