창업벤처중소기업이 서울 소재 부동산을 취득하여, 자사 제품의 마무리 공정을 하고, 고객에게 판매한 것이, 해당 부동산을 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
정부는 창업에 지원을 적극적으로 하고 있는데, 조세지원 정책으로 법인세(또는 소득세) 감면과 취득세 등을 감면하는 제도를 두고 있습니다.
창업벤처중소기업 요건을 충족하는 기업이 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면합니다.
해당 판례는 지방세특례제한법에 따른 취득세 감면에 관한 것입니다. 납세자는 파주시에 소재하는 창업벤처기업은 의료기기를 제조를 영위하는 기업입니다.
이 의료기기 제작과정은 ① 알루미늄 자재 가공, egi 강판 레이저 가공, 폴리카보네이트 커팅, ② 용접, 벤딩 등 챔버 본체 가공, ③ 외주업체 도장, ④ 챔버 내부 배관 조립, ⑤ 챔버 외부 배관 조립, ⑥ 챔버 출입문 조립, ⑦ 라벨 부착의 과정을 거쳐 완성됩니다.
납세자는 서울에 부동산을 취득하여 취득세 감면을 적용하여 신고납부를 하였고. 이 부동산에서 의료기기의 ⑤~⑦ 단계 제작과 고객에게 제품 사용 시연, 대리점 교육 및 A/S을 하고 있습니다.
지자체는 해당 부동산에서 이루어지는 과정은 출입문 부착 등일 뿐이고 파주 공장과 외주업체에서 챔버 본체와 출입문 등 모든 부품을 공급하는 점, 이 사건 부동산의 면적(33㎡)상 생산되는 모든 챔버 본체의 출입문 조립이 이루어진다고 볼 수 없는 점 등에서 이 사건 부동산은 제조 활동과 직접적인 연관 없이 상품의 판매를 위한 전시, 시연, 홍보 및 교육을 위한 장소여서 취득세 감면대상이 될 수 없다고 주장했습니다.
법원은 아래와 같은 내용으로 납세자가 해당 부동산에서 이루어지는 활동은 제조에 해당한다고 판결했습니다.
① 한국표준산업분류(통계청고시 제2017-13호)에 따르면, ‘제조업’은 ‘원재료(물질 또는 구성요소)에 물리적, 화학적 작용을 가하여 투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동’이다.
② 원재료에는 다른 제조업체에서 생산한 제품(중간제품 또는 반제품)이 포함되고 이는 동일 기업 내에 소속되는 사업체간에 생산품을 이전함으로써도 확보할 수 있으므로, 이 사건 기기로 완성되기 전인 챔버 본체에 내외부 배관이나 출입문을 조립하고 라벨을 부착하는 등의 과정은 중간제품, 반제품과 같은 원재료에 물리적 작용을 가하여 성질이 다른 새로운 제품인 완성품으로 전환시키는 제조 활동으로 볼 수 있다.
③ 또한 위 한국표준산업분류는 구입한 기계 부품의 조립을 제조업으로 분류하고 제조업 사업체가 기계 및 장비를 판매하는 과정에서 부수적으로 해당 기계 및 장비를 조립 또는 설치하는 경우에 그 사업체의 주된 활동이 제조라면 제조업으로 분류하고 있다.
④ 납세자가 파주 공장 등에서 조립에 필요한 챔버 본체, 내외부 배관, 출입문을 생산·공급하고, 이 사건 부동산에서 그중 일부의 조립만 이루어진다 하더라도 이 사건 부동산 역시 원고의 주된 활동인 제조업을 위한 장소로 볼 수 있다.
>>관련 판례<<
대법원2025두34522(2025.11.20)
[판결요지]
구 지방세특례제한법 제58조의3 관련하여 제조업 해당 여부는 등록 업종이나 형식만이 아니라 실제 사업 내용과 작업 형태를 종합해 판단해야 함
[이유]
｢상고심절차에 관한 특례법｣은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고, 상고이유에 관한 주장이 각호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 위 사유를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은 ｢상고심절차에 관한 특례법｣ 제4조 제1항 각호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.
｢상고심절차에 관한 특례법｣ 제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
2심-서울고등법원 2024누71673(2025.07.03) 취득세
취득세 등 경정거부 처분 취소
주문 / 처분청 패소
1. 피고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 피고가 부담한다.
이유
1. 청구 취지
피고가 2023. 7. 25. 원고에게 한 취득세 20,987,200원, 지방교육세 3,148,080원, 농어촌특별세 524,680원 합계 24,659,960원의 100분의 75를 경감하는 경정청구에 관한 거부처분을 취소한다.
2. 항소 취지
제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
이 유
1. 제1심판결의 인용
피고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 결론
원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각한다.
1심-서울행정법원 2024구단68463(2024.11.15) 취득세
취득세 등 경정거부 처분 취소
주문 / 처분청 패소
1. 피고가 2023. 7. 25. 원고에 대하여 한 취득세 20,987,200원, 지방교육세 3,148,080원, 농어촌특별세 524,680원 합계 24,659,960원의 100분의 75를 경감하는 경정청구에 관한 거부처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2022. 2. 24. 파주시 ○○○ ○○에 본점을 두고 의료기기 제조 및 유통업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사이다. 원고는 2022. 12. 21. 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2022. 10. 18. 법률 제19016호로 개정되어 2024. 4. 19. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 벤처기업법’이라 한다) 제25조에 따라 벤처기업확인기관장으로부터 벤처기업 확인(유효기간 2022. 12. 21.부터 2025. 12. 20.까지)을 받았다.
나. 원고는 2023. 4. 11. 서울 강남구 ○○○ ○○○-○ ○○○○○2 ○○○○호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 매수하고 2023. 4. 28. 소유권이전등기를 마쳤다.
다. 원고는 2023. 4. 26. 이 사건 부동산의 취득에 관하여 과세표준을 262,340,000원으로 하여 취득세 20,987,200원, 지방교육세 3,148,080원, 농어촌특별세 524,680원 합계 24,659,960원(이하 ‘이 사건 취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.
라. 원고는 2023. 5. 30. 이 사건 부동산이 창업벤처중소기업에 해당하는 원고가 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득한 부동산으로서 구 지방세특례제한법(2023. 6. 1. 법률 제19422호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제58조의3 제2항 제1호에 따라 취득세의 100분의 75를 경감하여야 한다고 주장하면서 이 사건 취득세 등 합계 24,659,960원의 75%인 18,494,970원을 감액해달라는 내용의 경정청구를 하였다.
마. 피고는 2023. 7. 25. 이 사건 부동산이 제조업에 직접 사용된다고 볼 수 없다는 이유로 경정거부결정을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고의 주장 요지
원고는 구 벤처기업법에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업으로서 확인일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종인 제조업을 계속 영위하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 실제 이 사건 부동산에서 가정용 고압산소챔버의 내외부 배관과 출입문 조립, 라벨 부착 등의 제조를 하였다. 따라서 이 사건 부동산의 취득은 구 지방세특례제한법 제58조의3 제2항 제1호, 제4항 제2호 등이 정한 경감 대상에 해당하므로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다.
나. 판단
1) 구 지방세특례제한법 제58조의3 제2항 제1호에 따르면, 구 벤처기업법에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)이 최초로 확인받은 날부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감하도록 되어 있다. 구 지방세특례제한법 제58조의3 제4항 제2호에 따르면, ‘제조업’을 경영하는 중소기업은 위 세액 경감의 대상인 창업벤처중소기업의 범위에 포함되고, 여기서의 ‘제조업’은 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다. 한국표준산업분류(통계청고시 제2017-13호)에 따르면, ‘제조업’은 ‘원재료(물질 또는 구성요소)에 물리적, 화학적 작용을 가하여 투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동’을 말하고, 이러한 제조활동은 공장이나 가내에서 동력기계 및 수공으로 이루어질 수 있으며, 생산된 제품은 도매나 소매 형태로 판매될 수도 있다. 또한 제조업체가 사용하는 원재료는 농‧임‧수산물, 광물뿐만 아니라 다른 제조업체에서 생산한 제품(중간제품 또는 반제품)이 포함될 수 있고, 동일 기업 내에 소속되는 사업체간에 생산품을 이전함으로써도 확보할 수 있다. 그리고 구입한 기계 부품의 조립은 제조업으로 분류하고, 제조업 사업체가 기계 및 장비를 판매하는 과정에서 부수적으로 해당 기계 및 장비를 조립 또는 설치하는 경우에 그 사업체의 주된 활동이 제조라면 제조업으로 분류한다.
앞서 본 세액 경감의 요건으로서 중소기업이 경영하는 업종이 위에서 살핀 ‘제조업’에 해당하는지를 결정함에 있어서는 그 사업 목적과 사업장의 등록 업종뿐만 아니라 실제의 사업 내용과 근로자의 작업 형태를 두루 참작하여야 한다(산업재해보상보험료율표의 적용에 관한 대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두3729 판결의 취지 참조).
2) 앞서 인정한 사실과 갑 제1, 6 내지 11호증, 을 제2, 3호의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정하거나 알 수 있는 다음 사실 또는 사정을 고려하면, 창업벤처중소기업인 원고는 벤처기업으로 최초 확인받은 2022. 12. 21.부터 4년 이내에 창업일 당시 업종인 제조업을 계속 영위하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 부동산의 취득은 구 지방세특례제한법 제58조의3 제2항 제1호, 제4항 제2호 등이 정한 경감 대상에 해당한다. 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
① 원고의 대표이사는 ‘의료용 고압 산소 챔버 내부의 이산화탄소 배출시스템 및 이를 이용한 이산화탄소 배출방법’의 특허권자이다. 원고의 대표이사는 2022. 2. 24. 의료기기 제조 및 유통업 등을 목적으로 하는 원고를 설립하여, 위 특허를 이용한 의료기기(이하 ‘이 사건 기기’라 한다)를 제조·유통하였다.
② 이 사건 기기는 고압 산소를 챔버 내부에 연결하여 사용자의 호흡기 주변 공기를 포집하고 챔버 내부의 이산화탄소를 외부로 배출하여 용해성 산소 농도를 증가시켜 모세혈관까지 원활하게 산소 공급을 함으로써 피부미용, 노화방지, 피로회복 등에 도움을 주는 기기이다. 이 사건 기기는 ‘알루미늄 자재 가공, egi 강판 레이저 가공, 폴리카보네이트 커팅 → 용접, 벤딩 등 챔버 본체 가공 → 외주업체 도장 → 챔버 내부 배관 조립 → 챔버 외부 배관 조립 → 챔버 출입문 조립 → 라벨 부착’의 과정을 거쳐 완성된다.
③ 원고는 ‘위 제조 과정의 대부분을 본점 소재지인 파주의 공장에서 하였는데, 2022년 말부터 수요가 늘어난 이후 이 사건 부동산에서 고객들에게 사용하는 방법과 산소 충전하는 방법 등을 시연하고, 대리점 교육과 A/S를 실시하였으며, 고객들이 현장에서 구매를 원할 경우에는 본점에서 탁송한 챔버 본체를 이 사건 부동산에서 내외부 배관과 투명 출입문을 조립하고 라벨을 부착하여 판매하였다’고 주장한다. 원고의 경정청구 이후 피고가 2023. 7. 21. 이 사건 부동산에서 실시한 현황조사에 따르면, 이 사건 부동산 내부에 이 사건 기기로 완성되기 전 조립 중인 챔버 본체, 출입문, 산소통, 작업대, 조립용 도구, 부품통 등이 놓여있어, 원고의 위 주장과 같이 이 사건 부동산에서 실제로 완성되지 않은 챔버 본체의 내외부 배관이나 출입문의 조립, 라벨 부착 등의 과정이 이루어진 것으로 보인다.
④ 피고는 원재료의 분쇄, 배합, 압출 등 상품의 본질적 성질을 변화시키는 처리 과정은 이 사건 부동산에서 이루어지지 않는 점, 이 사건 부동산에서 이루어지는 과정은 출입문 부착 등일 뿐이고 파주 공장과 외주업체에서 챔버 본체와 출입문 등 모든 부품을 공급하는 점, 이 사건 부동산의 면적(33㎡)상 생산되는 모든 챔버 본체의 출입문 조립이 이루어진다고 볼 수 없는 점 등에서 이 사건 부동산은 제조 활동과 직접적인 연관 없이 상품의 판매를 위한 전시, 시연, 홍보 및 교육을 위한 장소여서 구 지방세특례제한법 제58조의3에 따른 감면대상이 될 수 없다고 주장한다.
그러나 앞서 본 것처럼 구 지방세특례제한법 제58조의3 제2항 제1호, 제4항 제2호에서 정하는 ‘제조업’으로서 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(통계청고시 제2017-13호)에 따르면, ‘제조업’은 ‘원재료(물질 또는 구성요소)에 물리적, 화학적 작용을 가하여 투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동’으로, 원재료에는 다른 제조업체에서 생산한 제품(중간제품 또는 반제품)이 포함되고 이는 동일 기업 내에 소속되는 사업체간에 생산품을 이전함으로써도 확보할 수 있으므로, 이 사건 기기로 완성되기 전인 챔버 본체에 내외부 배관이나 출입문을 조립하고 라벨을 부착하는 등의 과정은 중간제품, 반제품과 같은 원재료에 물리적 작용을 가하여 성질이 다른 새로운 제품인 완성품으로 전환시키는 제조 활동으로 볼 수 있다. 또한 위 한국표준산업분류는 구입한 기계 부품의 조립을 제조업으로 분류하고 제조업 사업체가 기계 및 장비를 판매하는 과정에서 부수적으로 해당 기계 및 장비를 조립 또는 설치하는 경우에 그 사업체의 주된 활동이 제조라면 제조업으로 분류하는 데에서 보듯이, 원고가 파주 공장 등에서 조립에 필요한 챔버 본체, 내외부 배관, 출입문을 생산·공급하고, 이 사건 부동산에서 그중 일부의 조립만 이루어진다 하더라도 이 사건 부동산 역시 원고의 주된 활동인 제조업을 위한 장소로 볼 수 있다.
4. 결론
원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.