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개별소비세란

1. 개별소비세란

 개별소비세는 특정한 물품, 특정한 장소 입장행위(入場行爲), 특정한 장소에서의 유흥음식행위(遊興飮食行爲) 및 특정한 장소에서의 영업행위에 대하여 부과하는 세금입니다.

 개별소비세는 '특별소비세법'이라는 제명으로 1977년에 부가가치세와 함께 시행이 되었습니다. 여러 차례에 개정이 되면서 2008년부터는 지금과 같이 '개별소비세법'으로 제명이 변경되었습니다.

 개별소비세는 부가가치세의 도입에 따라 조세부담의 역진성등 부가가치세의 단일세율에서 오는 불합리성을 제거하는 한편, 사치성물품의 소비를 억제하려는 취지에서 부과하게 된 세금입니다. 그러나, 시간이 지남에 따라 사치품에 대한 소비억제보다는 사회적 비용을 유발하는 자동차·유류 등 일부 개별 품목 등에 부과하는 교정세적 의미가 부각되고 있습니다.

2. 과세대상과 세율

 개별소비세는 과세대상을 열거하고 있습니다. 특정 물품, 특정한 장소 입장행위, 특정한 장소에서의 유흥음식행위 및 특정한 장소에서의 영업행위에 대하여 개별소비세를 부과합니다.

(1) 과세물품

(2) 과세장소

(3) 유흥음식행위

 유흥음식행위에 대하여 개별소비세를 부과하는 장소는 다음과 같습니다. 세율은 유흥음식요금의 10%입니다.

① 유흥주점

② 외국인전용 유흥음식점

③ 그 밖에 이와 유사한 장소

(4) 영업행위

 영업행위에 대하여 개별소비세를 부과하는 장소와 그 세율은 다음과 같습니다.

카지노: 연간 총매출액에 따른 소정의 세율

3. 납세의무자

 개별소비세의 납세의무자는 다음과 같습니다.

① 과세물품을 제조하여 반출하는 자

② 관세를 납부할 의무가 있는 자로서 과세물품을 보세구역에서 반출하는 자

③ 과세장소의 경영자

④ 과세유흥장소의 경영자

⑤ 과세영업장소의 경영자

4. 신고납부기한

① 과세물품을 제조하여 반출하는 자: 반출한 날이 속하는 분기의 다음 달 25일

② 관세법에 따라 관세를 납부할 의무가 있는 자: 반출한 날이 속하는 분기의 다음 달 25일

③ 관세법에 따른 보세구역에서 반출하는 자: 반출한 날이 속하는 분기의 다음 달 25일

④ 관세를 징수하는 물품에 대해서는 그 관세를 납부할 의무가 있는 자: 관세법 준용

⑤ 과세장소의 경영자: 입장한 날이 속하는 분기의 다음 달 25일

⑥ 과세유흥장소의 경영자: 유흥음식행위를 한 날이 속하는 달의 다음 달 25일

⑦ 과세영업장소의 경영자: 영업행위 한 날이 속하는 해의 다음 해 3월 말일

청구법인이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

 기업이 부동산을 취득하는 경우 취득세가 부과되는데, 중과세 대상에 해당하는 경우 취득세 중과세율이 적용됩니다.

 벤처기업이 고유 업무에 직접 사용하기 위해 부동산을 취득하는 경우 취득세 37.5%을 감면받을 수 있습니다. 취득세를 감면 받은 벤처기업이 정당한 사유 없이 그 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면받은 취득세를 추징합니다.

 벤처기업이 건축물을 취득하여 건물을 철거하고 건축물 신축공사에 착공을 했습니다. 종전 건축물을 철거하는 과정에서 석면이 발견되어 중부지방노동청의 허가를 받아 석면 해체작업으로 인해 공사기간이 연장되었고, 부동산 취득일로부터 1년을 초과하여 사용승인을 받았습니다.

 과세관청은 유예기간 1년을 초과하였고, 종전 건축물을 철거하는 과정에서 석면이 발견되어 석면 해체작업으로 공사기간이 연장된 것이 벤처기업이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유에 해당하지 않는다고 했습니다.

 종전 건축물을 철거하는 과정에서 석면이 발견되어 석면 해체작업으로 공사기간이 연장된 것이, 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유에 해당하지 않는 것일까요?

 조세심판원은 벤처기업이 이 건 토지를 유예기간(1년) 내에 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 과세관청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단했습니다.

>>관련 심판례<<

조심2023지4731(2024.03.27)

[제목] 청구법인이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

[요약] 청구법인이 이 건 토지를 유예기간(1년) 내에 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨. 다만, 이 건 부동산 중 종전 건축물(569.51㎡)은 취득 후 바로 철거하였는바, 종전 건축물은 청구법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 아니하므로 이 건 부동산의 취득가격 5,425,000,000원을「지방세법 시행령」제19조 제1항에 따라 이 건 토지와 종전 건축물의 시가표준액 비율로 나누어 그 중 종전 건축물에 해당하는 금액에 대하여는 감면한 취득세 등을 부과하는 것이 타당하다고 할 것임.

[결정유형] 경정

[주문]

경기도 안양시장(동안구청장)이 2023.6.20. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 경기도 안양시 OOO토지 1,324㎡를 벤처기업이 벤처기업육성촉진지구에 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.6.1. 경기도 안양시 OOO토지 1,324㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 569.51㎡(이하 “종전 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 이 건 부동산을 벤처기업이 OOO지구에서 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조 제4항에 따라 취득세의 1000분의 375를 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 부동산의 취득일 부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아 2023.6.20. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 토지에 공장용 건축물 2,981.55㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하기 위해 이 건 부동산을 취득하기 전인 2020.4.29. 이 건 건축물의 신축을 위한 설계계약을 체결한 후 2020.6.1. 이 건 부동산을 취득하고, 2020.7.10. 이 건 건축물의 신축을 위한 도급공사계약(공사기간 2020.7.10.~2021.3.31.)을 체결하였다.

(2) 청구법인은 2020.7.8. 건축허가를 신청하여 2020.7.27. 처분청으로부터 건축허가를 받고 2020.9.21. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였으나 종전 건축물을 철거하는 과정에서 석면이 발견되어 중부지방노동청의 허가를 받아 석면 해체작업을 하느라 2020.9.28.에서야 종전 건축물의 철거를 완료하였다.

(3) 이 건 건축물을 신축하는 과정에서 예상하지 못한 인근 주민의 민원 제기, 처분청의 공사 중단 요구(동절기 공사의 경우 콘크리트 양생 과정에서 문제가 발생할 수 있음), 코로나19로 인한 공사 현장 폐쇄 등으로 공사기간이 예정보다 연장되어 2021.8.31.에서야 이 건 건축물의 사용승인을 받을 수 있었는데, 이는 이 건 부동산의 취득일을 기준으로 하면 유예기간 종료일부터 3개월 정도 늦은 것에 불과하다.

(4) 「지방세특례제한법」제2조 제8호에서 ‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제123조에서 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 포함한다고 규정하고 있을 뿐 지방세특례제한법령 어디에도 유예기간 내에 해당 건축물에 대한 사용승인을 받아야 한다고 규정하고 있지 않음에도 처분청이 이 건 부동산의 유예기간을 경과한 후 이 건 건축물의 사용승인을 받았다는 이유만으로 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(5) 설령, 고유업무에 사용하기 위한 건축물을 신축하는 것 자체를 ‘직접 사용’에 해당하는 것으로 보기 어렵다 하더라도 종전 건축물을 해체하는 과정에서 석면이 발견되어 철거가 지연되었고, 이 건 건축물의 신축공사를 착공한 후에도 처분청의 동절기 공사 중단 요청과 공사 현장 인근 주민의 민원 제기 등으로 신축 공사를 예정대로 진행하지 못하였을 뿐만 아니라 특히 공사 현장 작업자들이 코로나19에 감염되어 공사 현장이 폐쇄되는 등 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적 사유로 이 건 부동산의 유예기간이 경과한 후에야 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것이므로 여기에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법」제58조 제4항 및 제178조 제1항 제1호에서 벤처기업이 벤처기업육성촉진지구에서 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 감면하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 건축물을 신축할 목적으로 취득한 토지에 대해서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 사업에 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것인데, 청구법인은 이 건 부동산을 취득일(2020.6.1.)부터 1년이 경과한 2021.8.31.에서야 이 건 건축물의 사용승인을 받았으므로 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다.

(3) 아울러「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것이기는 하나 청구법인이 코로나19로 인해 이 건 건축물의 신축공사를 중단하였다 하더라도 이를 법령상 제한 등에 준하는 외부적 사유로 볼 수는 없다 할 것이고, 종전 건축물을 해체하는 과정에서 석면의 발견이나 처분청이 안전과 주민 민원 등을 이유로 동절기 공사 중단 명령을 하여 유예기간을 경과한 것이라 하더라도 이를 정당한 사유로 보기 어렵다 할 것이며, 그 외 이 건 건축물을 신축하는데 있어서 법령의 금지·제한 또는 행정관청의 귀책 등 정당한 사유로 볼 만하는 사정은 없었다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)

○ 지방세특례제한법 제2조<정의> ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

○ 지방세특례제한법 제58조<벤처기업 등에 대한 과세특례> ④ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제18조의4에 따른 OOO지구에서 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 1,000분의 375를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

○ 지방세특례제한법 제178조<감면된 취득세의 추징> 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 지방세법 시행령

○ 지방세법 시행령 제19조<부동산등의 일괄취득> ① 부동산등을 한꺼번에 취득하여 각 과세물건의 취득 당시의 가액이 구분되지 않는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 각 과세물건별 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득 당시의 가액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2002.5.31. 서울특별시 금천구 OOO를 본점소재지로 하고, 통신기기, 통신장비개발 제조 및 판매 등을 목적사업으로 하여 설립한 후, 2019.1.30. 기술신용보증기금으로부터 벤처기업확인을 받았다.

(나) 청구법인은 2020.4.20. 이 건 부동산의 매매계약 체결을 체결 한 후, 그 지상에 이 건 건축물(공장, 2,981.55㎡)을 신축하기 위하여 건축사사무소 OOO과 설계용역계약을 체결하였다.

(다) 청구법인은 2020.6.1. 이 건 부동산(토지 및 종전 건축물)을 OOO원에 일괄 취득한 후,「지방세특례제한법」제58조 제4항 제1호에 따라 벤처기업이 OOO지구에서 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 1,000분의 375를 감면받았으며, 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 부동산의 시가표준액은 OOO원 인것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 2020.7.10. 주식회사 A과 이 건 건축물의 신축을 위한 도급공사계약(공사기간 : 2020.7.10.~2021.3.31.)을 체결하고, 2020.9.3. 종전 건축물의 철거(멸실)공사를 착수하였는데 그 과정에서석면이 발견되어 중부지방고용노동청의 지도 감독 아래 석면 제거 작업을 진행함에 따라 예정일 보다 다소 늦은 2020.9.28. 종전건축물의 철거작업을 마친 후, 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였다.

(마) 청구법인은 처분청이 이 건 부동산 인근에 거주하는 주민의 민원과 한파로 인한 콘크리트 양생의 불안정 등을 이유로 2020.11.5.과 2020.12.30.부터 2021.1.11.까지 이 건 건축물의 신축공사 중단을 요청함에 따라 공사를 중단하여 공사기간이 예정보다 늘어났고, 그 후에도 코로나19 발생과 주식회사 A(이 건 신축공사의 수급인)으로부터 공사대금을 제때 수령하지 못한 하도급 업체가 공사 현장을 점거함에 따라 이 건 건축물의 신축공사를 계획대로 진행하기 어려웠다고 주장한다.

(바) 청구법인은 당초 예정(2021.3.31.)보다 5개월 정도 늦게 신축공사를 마무리하고, 이 건 토지의 취득일(2020.6.1.)부터 1년 3개월만인 2021.8.31. 처분청으로부터 이 건 건축물의 사용승인을 받았다.

(2) 「지방세특례제한법」제58조 제4항 제1호에서 벤처기업이 벤처기업육성촉진지구에서 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 1,000분의 375를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유도 포함한다고 할 것이다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임).

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부동산의 취득일(2020.6.1.)부터 약 4개월 후인 2020.9.28. 이 건 건축물의 신축 공사를 시작한 것으로 보이는 점,

건축물의 건축 행위를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없으나 건축을 하는 동안은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 점,

청구법인이 이 건 건축물의 신축공사를 진행하던 중 처분청의 공사 중단 요청 및 하도급 업체의 공사현장 점거 등으로 당초 예정 보다 공사기간이 늘어난 것으로 보이는 바, 이와 같은 사유는 청구법인이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 볼 수 있는 점,

청구법인은 이 건 부동산의 유예기간을 불과 3개월 정도 경과한 2021.8.31. 이 건 건축물의 사용승인을 받아 이 건 심리일 현재 이 건 건축물을 공장으로 사용하고 있는 점 등에 비추어

청구법인이 이 건 토지를 유예기간(1년) 내에 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

다만, 이 건 부동산 중 종전 건축물(569.51㎡)은 취득 후 바로 철거하였는바, 종전 건축물은 청구법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 아니하므로 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을「지방세법 시행령」제19조 제1항에 따라 이 건 토지와 종전 건축물의 시가표준액 비율로 나누어 그 중 종전 건축물에 해당하는 금액에 대하여는 감면한 취득세 등을 부과하는 것이 타당하다고 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항,「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

농어촌특별세란?

1. 농어촌특별세란?

 농어촌특별세는 부동산을 취득할 때 취득세에 부가되는 세금으로 또는 법인세나 소득세가 감면될 때 감면세액에 20%을 내는 세금으로 알고 있습니다.

 농어촌특별세는 사용 목적이 정해진 세금입니다. 농어업의 경쟁력 강화와 농어촌 산업기반 시설의 확충 및 농어촌 지역 개발사업을 위해 필요한 재원을 확보함을 목적으로 하는 목적세입니다. 농어촌특별세 과세대상에 농어촌특별세를 부과하여 농어업의 경쟁력 강화 및 농어촌지역 개발 사업에 필요한 재원을 충당하고 있습니다.

2. 제정 시기 및 목적

 농어촌특별세는 UR협상 타결과 WTO 출범에 따른 농산물시장 개방으로 인해 발생하게 될 농어업 부문의 피해를 줄이고자 1994년 3월 24일에 제정하고, 그 해 7월 1일부터 지금까지 시행이 되고 있습니다. 일몰기한을 계속해서 연장하여 오고 있습니다.

 농어촌특별세는 아래와 같은 사업 등 농어촌 사업 수행을 위한 재원으로 운용되고 있습니다.

3. 과세대상 및 납세의무자

 농어촌특별세는 단독으로 부과되는 세목은 아니며, 사치성 소비 관련 세목 및 조세감면액, 종합부동산세, 증권거래세, 취득세 등에 추가해 부과됩니다.

 농어촌특별세의 납세의무자는 다음과 같습니다.

① 조세특례제한법, 관세법, 지방세특례제한법에 의해 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록면허세의 감면을 받는 자

② 개별소비세법의 몇몇 물품(투전기, 사행기구, 수렵용 총포류, 고급모피, 고급가구 등) 또는 입장행위(골프장 등)에 대한 개별소비세 납세의무자

③ 증권거래세법에 규정된 증권거래세 납세의무자

④ 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

⑤ 종합부동산세법에 의한 종합부동산세의 납세의무자

4. 농어촌특별세 세율

 농어촌특별세는 다음의 과세표준에 세율을 곱해 계산한 금액을 그 세액으로 합니다.

농어촌특별세는 본세를 신고·납부하는 시기에 함께 납부해야 합니다.

5. 농어촌특별세 비과세

 아래 요건에 해당되는 경우 비과세되는 항목으로 농어촌특별세가 부과되지 않습니다.

 농어촌특별세는 과오납금 등(감면받은 세액을 추징함에 따라 발생하는 환급금 포함)이 있어 환급할 세액이 발생하는 경우, 본세와 같은 방법으로 조정해 환급받게 됩니다.

법인이 서울에서 부동산을 유상승계로 취득하면서 취득세 중과세율 배제를 적용받은 것이 취득세 감면에 해당하여 농어촌특별세 과세대상에 해당하는지 여부

 부동산을 취득하는 경우 취득세가 부과됩니다. 특히 법인이 수도권과밀억제권역에서 부동산을 원시취득 또는 유상승계 취득하는 경우 취득세를 중과합니다.

 정부의 정책 목적을 위해 취득세 면제 또는 중과를 배제하거나 감면을 합니다.

 취득세가 면제 또는 감면이 되는 경우 그 세액의 20%을 농어촌특별세가 부과됩니다.

 법인이 서울에서 부동산을 취득하면서 특례 규정을 적용하여 취득세를 기본세율로 신고납부를 하였습니다. 취득세를 중과세율로 적용한 경우의 세액과 기본세율을 적용했을 경우의 취득세 차액에 대해 농어촌특별세를 수정신고 및 납부를 했습니다.

 농어촌특별세를 수정신고를 하면서 납부한 세액에 대해 환급해 줄 것을 과세관청에 경정청구 했습니다. 이에 과세관청은 취득세를 중과배제한 것이 농어촌특별세 과세대상에 해당한다며 기각을 했습니다.

 취득세를 중과배제한 것이 농어촌특별세 과세대상에 해당할까요?

 취득세 감면에 대해 농어촌특별세법상 과세대상이 되는 것은 다음과 같이 정리할 수 있습니다.

① 「지방세특례제한법」 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우

② 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제에 해당하는 경우

「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 경우

 조세심판원은 행당 심판례에서 세액감면은 통상적으로 과세표준에 세율을 곱하여 세액을 산출한 이후 지방세관계법에 따른 감면규정을 적용하여 그 세액의 일부나 전부를 경감하는 방식을 말한다고 봄이 타당하고, 이와 달리 세액산출 이전에 세율의 적용에 관한 사안인 ‘중과세율의 배제’가 ‘세액감면’의 범주에 포함된다고 보기는 어렵다고 했습니다. 해당 특례 규정은 취득세 중과세율 적용 배제만 규정하였을 뿐 세액감면은 전혀 규정하지 않았다고 설시하고 있는바 ‘세액감면’과 ‘중과세율의 배제’는 구분되는 의미로 보인다고 했습니다.

 이에 따라 과세관청이 취득세 중과배제를 적용함에 따라 경감된 취득세액이 농어촌특별세 과세대상임을 전제로 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단 했습니다.

>>관련 심판례<<

조심2023지5596(2024.03.14)

[제목] 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율 배제는 취득세 감면에 해당하지 아니하여 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

[요약] 처분청이 쟁점건축물의 취득에 대하여 대도시 중과배제를 적용함에 따라 경감된 취득세액이 농어촌특별세 과세대상임을 전제로 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[결정유형] 취소

[참조결정] 조심 2020지1267

[주문]

서울특별시 중구청장이 2023.10.13. 청구법인에게 한 농어촌특별세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제229조 제2호에 따라 설립된 부동산집합투자기구로서, 2023.6.1. 서울특별시 중구 OOO 및 같은 구 OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매수하여 취득하고, OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」제180조의2 제1항 제2호(지방세 중과세율 적용 배제 특례규정으로, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 「지방세법」제13조 제2항이 규정하고 있는 중과세율의 적용을 배제하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부한 후, 2023.6.16. 쟁점규정 적용에 따라 중과세율 적용이 배제된 결과 감소된 취득세 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세 OOO원(이하 “쟁점농특세”라 한다)을 수정신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2023.8.24. 쟁점규정에 적용에 따라 감소된 취득세는 「농어촌특별세법」 제2조 제1항이 규정하고 있는 “감면”을 받은 세액에 해당하지 않는다는 이유로 기 납부한 쟁점농특세를 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.10.13. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 취득세 감면으로 인한 농어촌특별세의 납세의무가 성립하기 위해서는 법문언상 「농어촌특별세법」제2조 제1항에서 정하는 ① 취득세가 부과되지 않거나 경감됨, 그리고 ② 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제에 해당될 것이라는 두 가지 요건 모두가 필요한데, 쟁점규정에 따른 중과배제는 위 ②의 ‘세액감면’ 등에 해당하지 않고 세액감면 외의 다른 항목에는 그 의미상 해당될 여지조차 없다.

또한, “세액감면”은 과세표준에 세율을 곱하여 계산된 세액에 사후적으로 일정 비율을 적용하여 감해주는 것인데, 중과세율 적용배제는 사전적으로 세율 적용 단계에서 표준세율을 적용하는 것이므로 양자는 완전히 다르다.

더욱이, 「농어촌특별세법」제2조 제1항 제2호 및 제3호에서는 세액이 감소하는 경제적 효과가 있음에도 세액감면 등에는 해당하지 아니하는 ‘특례세율의 적용’ 대상을 농어촌특별세 과세대상으로 포섭하기 위하여 별도로 「농어촌특별세법」상 ‘감면’의 범위에 포함하고 있는데, 「지방세법」의 경우 제15조 제1항의 취득세 특례세율의 적용 외에는 「농어촌특별세법」상 ‘감면’의 범위에 포함되는 대상이 없으므로, 세액감면 등에 해당하지 않는 쟁점규정의 적용은 「농어촌특별세법」상 ‘감면’에 해당한다고 보기도 어렵다.

(2) 기획재정부, 행정안전부 및 국세청은 모두 중과세율의 배제가 농어촌특별세의 과세대상이 아니라는 입장이며, 농어촌특별세 소관부처인 기획재정부는 쟁점규정이 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관된 이후에도 여전히 농어촌특별세 과세대상이 아니라는 입장(기획재정부 조세특례제도과-710, 2022.10.18.)을 유지하고 있다.

또한, 현행 쟁점규정과 같은 방식(중과세율의 배제만 규정하는 경우)으로 규정된 구「조세특례제한법」제119조 제6항(현 쟁점규정 제2항)의 ‘기업구조조정투자회사 등의 설립등기에 대한 등록면허세의 중과세율의 배제규정’ 적용시에도 실무상 농어촌특별세를 과세하지 않고 있는데, 이는 중과세율의 배제규정 자체가 「농어촌특별세법」상 ‘감면’이 아니므로 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 않는다고 본 것이고(해당 소관부처인 기획재정부 유권해석의 입장과 동일), 해당 조문이 「지방세특례제한법」으로 이관된 이후라 하더라도 그 과세대상 해당여부에 대한 입장이 달라질 것은 없다.

나. 처분청 의견

(1) 최근 심리불속행 기각으로 확정된 대법원 2023.3.16. 선고 2022두66125 판결(이하 “선행판결”이라 한다)에서는 농어촌특별세가 직접적으로 판시 내용에 특정된 것은 아니지만, 쟁점규정 역시 “감면”에 해당된다고 본 바, 이 건에서도 명확한 선결정례는 없지만 위 대법원 판결의 취지가 준용될 수 있다.

(2) 또한 조세심판원 역시 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에 ‘지방세특례’를 세율의 경감, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함)로 각각 규정하고 있고 이들은 모두 납세자가 납부하여야 하는 세액을 감소시키는 것으로 모두 감면에 해당된다고 볼 수 있다고 판단하여(조심 2020지1267, 2021.3.29.) 해당 규정을 감면으로 보고 있다. 따라서 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율 배제가 지방세 감면에 해당하지 않는다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점규정에 따른 취득세 중과세율 배제는 취득세 감면에 해당하지 아니하여 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제229조 제2호에 따라 설립된 부동산집합투자기구이다.

(나) 청구법인은 2023.6.12. OOO으로부터 쟁점부동산을 매매가액 OOO원에 취득하였다.

(다) 청구법인은 같은 날 위 매입금액에 관련 비용 및 운용사 매입보수를 합한 OOO원을 과세표준으로 하고, 쟁점규정에 따라 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였는데, 2023.6.16. 쟁점규정 적용에 따라 중과세율 적용이 배제된 결과 감소된 취득세 OOO원을 농어촌특별세 과세표준으로 하여 쟁점농특세를 추가로 수정신고·납부하였다.

(라) 청구법인은 2023.8.24. 쟁점규정에 적용에 따라 감소된 취득세 OOO원은 「농어촌특별세법」 제2조 제1항이 규정하고 있는 “감면”을 받은 세액에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점농특세를 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.10.13. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 선행판결에서 쟁점규정 역시 감면에 해당한다고 판단하였는바, 위 선행판결 취지에 따르면 청구법인이 쟁점규정에 따라 중과세율 적용이 배제된 부분 역시 농어촌특별세 과세대상인 「농어촌특별세법」 제2조 제1항에 따른 “감면”에 해당한다는 의견이다.

그러나, 다음과 같은 사정을 종합하면 쟁점규정은 「농어촌특별세법」제2조 제1항에서 정의하는 ‘감면’에 해당하지 아니함에도 농어촌특별세 과세대상으로 보아 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결).

「농어촌특별세법」제2조 제1항에서는 농어촌특별세법상 과세대상이 되는 “감면”에 대하여 ① 「지방세특례제한법」 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 ② 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제에 해당하거나 「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 것이라고 정함으로써 그 대상에 대하여 열거하고 있는바, 위 정의규정에 비추어 쟁점규정이 「농어촌특별세법」상 과세대상인 ‘감면’에 해당하려면 쟁점규정의 적용으로 취득세가 경감되는 것뿐만 아니라 그 경감의 방식이 세액감면 등 열거된 방식이거나 「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율 적용대상에 해당하여야 할 것이다.

(나) 처분청은 쟁점규정이 「농어촌특별세법」제2조 제1항 제1호에서 정하는 ‘세액감면’에 해당한다는 의견이나, 지방세관계법상 세액감면에 대한 정의가 따로 규정되어 있지 않더라도 세액감면은 통상적으로 과세표준에 세율을 곱하여 세액을 산출한 이후 지방세관계법에 따른 감면규정을 적용하여 그 세액의 일부나 전부를 경감하는 방식을 말한다고 봄이 타당하고, 이와 달리 세액산출 이전에 세율의 적용에 관한 사안인 ‘중과세율의 배제’가 ‘세액감면’의 범주에 포함된다고 보기는 어렵다. 처분청이 원용하는 선행판결에서도 현행 쟁점규정은 중과세율 적용 배제만 규정하였을 뿐 세액감면은 전혀 규정하지 않았다고 설시하고 있는바 ‘세액감면’과 ‘중과세율의 배제’는 구분되는 의미로 보인다.

(다) 「농어촌특별세법」의 개정연혁을 보더라도 「농어촌특별세법」에서 쟁점규정을 과세대상으로 삼는 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 동 규정을 그대로 농어촌특별세법의 과세대상인 ‘감면’으로 볼 수는 없다고 판단된다.

2011.1.1. 구 취득세와 구 등록세의 세목간 통합을 주요 골자로 전부개정된 「지방세법」제11조에서는 부동산 취득에 대한 표준세율을, 제13조에서는 대도시 내 부동산 취득에 대한 중과세율을 규정하였고, 제15조에서는 표준세율보다 낮은 세율을 적용하는 ‘세율의 특례’를 신설·도입하였다.

당시「농어촌특별세법」에서는 제2조 제1항 제3호에 ‘「지방세법」제15조 제1항의 세율의 특례 적용대상’을 농어촌특별세법상 ‘감면’에 새로이 규정하였는데, 이는 구「지방세법」당시 농어촌특별세 과세대상이었던 구「지방세법」제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세)를 「지방세법」제15조 제1항에서 규정하게 됨에 따라 개정규정을 농어촌특별세 과세대상으로 새로이 포섭할 필요가 있었기에 이를 「농어촌특별세법」제2조의 정의 규정에 추가·신설한 것으로 보인다.

이러한 개정연혁에 비추어 볼 때 「농어촌특별세법」은 지방세관계법의 개정으로 농어촌특별세의 과세에 영향을 미치는 사안에 대해서는 이를 적절히 반영하여 개정한 것으로 보이고, 쟁점규정에 의하여 경감된 세액을 농어촌특별세 과세대상으로 삼고자 하였다면 별도의 규정을 두어야 함이 「농어촌특별세법」의 법률체계상 타당해 보이나, 2011.1.1. 「지방세법」의 분법·「지방세특례제한법」의 신설과 그에 따른 ‘지방세 특례’의 정의규정의 도입시 쟁점규정과 관련한 개정사항이 없는 것으로 확인되고, 2014.12.31. 쟁점규정이 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관될 당시에도 감면규정 일몰에 따라 감면규정을 농어촌특별세 비과세 규정에서 삭제한 것 외 개정사항이 없는 것으로 나타난다.

(라) 또한, 「지방세법」제13조의 중과세율 도입취지가 대도시 내로의 인구유입에 따른 인구집중을 막기 위함(대법원 1999.5.14. 선고 98두11786 판결)인데 반해, PFV는 명목상의 회사로서 수도권 과밀 유발 요인이 없고, 대규모 개발사업에 민간자본 투자 활성화를 유도하고자 쟁점규정을 두어 중과세율의 적용을 배제하는 것(행정안전부 지방세특례제도과-587, 2022.3.15. 등)으로, 수도권 과밀유발의 요인이 없는 PFV가 취득하는 대도시의 부동산에 대하여는 표준세율 적용대상과 동일하게 취급하겠다는 것이다.

이와 같은 견지에서 구「조세특례제한법」제120조 제1항 제5호와 같이 감면규정과 중과세율의 배제를 동시에 규정한 경우에도 중과세율을 배제하고 표준세율을 적용하여 산출한 세액을 기준으로 감면율을 곱하여 산출한 취득세 감면세액을 농어촌특별세의 과세표준으로 삼게 되는 것이며, 표준세율의 적용을 기준으로 취득세 감면세액에 대한 농어촌특별세의 과세표준을 산정하였던 사실은 그간의 실무운영과 행정안전부 유권해석(행정안전부 지방세운영과-2615, 2008.12.19.)과도 같은 입장이다.

(마) 이러한 태도는 「농어촌특별세법」 소관부처인 기획재정부의 유권해석에서도 나타나는바, 최초 신설당시부터 (쟁점규정과 같은 형식으로) 중과배제 규정만을 규정한 현행 「지방세특례제한법」 제180조의2 제2항의 규정에 대해 일관되게 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 아니한다고 해석하여 왔고(기획재정부 조세지출예산과-190, 2007.3.27. 외 다수), 쟁점규정이 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관된 이후 그리고 선행판결이 선고된 이후에도 농어촌특별세 과세대상여부에 대하여 종전과 동일한 입장(기획재정부 조세특례제도과-710, 2022.10.18.)을 취하고 있다.

따라서, 처분청이 이 사건 부동산의 취득에 대하여 쟁점규정을 적용함에 따라 경감된 취득세가 농어촌특별세 과세대상임을 전제로 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

○ 지방세법 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립<대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다>하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세특례제한법

○ 지방세특례제한법 제1조(목적) 이 법은 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.

○ 지방세특례제한법 제4조(조례에 따른 지방세 감면) ① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)를 할 수 있다. ＜ 각호 생략 ＞

② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세 감면을 할 수 없다. 다만, 국가 및 지방자치단체의 경제적 상황, 긴급한 재난관리 필요성, 세목의 종류 및 조세의 형평성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에는 제1호에 해당하는 지방세 감면을 할 수 있다.

2. 「지방세법」 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면

○ 지방세특례제한법 제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 「지방세법」에 따른 취득세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

1. 「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산

3. 「조세특례제한법」 제104조의31 제1항에 해당하는 회사가 취득하는 부동산

(3) 조세특례제한법

○ 조세특례제한법 제104조의31(프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제) ① 「법인세법」 제51조의2 제1항 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 투자회사와 유사한 투자회사로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 법인이 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도에 대하여 대통령령으로 정하는 배당가능이익(이하 이 조에서 “배당가능이익”이라 한다)의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액(이하 이 조에서 “배당금액”이라 한다)은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다. ＜각호 생략＞

(4) 농어촌특별세법

○ 농어촌특별세법 제2조(정의) ① 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. 「조세특례제한법」 제72조 제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조 제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용

3. 「지방세법」 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용

③ 제1항 및 제2항에 규정된 용어 외의 용어에 대한 정의는 본세에 관한 법률이 정하는 바에 따른다.

○ 농어촌특별세법 제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 「조세특례제한법」·「관세법」·「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에 따라 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(제2호의 경우는 제외한다)

지식산업센터를 신축하여 분양하였는데, 수분양자들이 다른 용도로 사용하여 있다고 하여 당초 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부

 건물을 신축하면 취득세가 부과됩니다. 정부는 정책 목적을 위해 취득세를 감면하는 규정을 두는데, 지식산업센터를 신축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하는 경우 취득세를 감면합니다.

 시행사는 지식산업센터를 신축하여 분양을 했습니다. 분양을 할 때 순분양자와 계약을 하면서 ‘분양계약 당시 용도 외의 사용을 해서는 아니된다’는 취지의 문구를 입주자모집공고·분양계약서·분양조건 확약서·입주안내문에 기재하여 수분양자로 하여금 분양 후 입주가능 외의 업종으로 사용하는 것을 금지하는 것에 수분양자로부터 동의를 받아 계약을 했습니다.

 그러나 수분양자는 취득세를 신고납부할 때 취득세 감면을 받지 않았습니다. 수분양자는 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 제3자에게 임대를 하였습니다.

 지방자치단체는 시행사에게 지식산업센터용으로 분양하기 위하여 취득한 해당 부동산이 수분양자들에게 다른 용도로 분양하였다고 보아 감면받은 취득세를 추징하였습니다. 이 처분이 적법할까요?

 조세심판원은 청구법인이 지식산업센터 입주자격을 갖춘 자에게 적법하게 분양한 것으로 볼 수 있고 이후 그 수분양자가 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다 하더라도 청구법인에게 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 이 건 지식산업센터의 신축과 분양에 대한 청구법인의 책임과 한계를 넘어서는 것으로 보았습니다. 청구법인이 이 건 지식산업센터를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세를 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단하였습니다(조심 2022지129, 2022.4.12., 같은 뜻임).

>>관련 심판례<<

조심2023지335(2024.04.11)

[제목] 지식산업센터용으로 분양하기 위하여 취득한 쟁점부동산을 수분양자들에게 다른 용도로 분양하였다고 보아 이 건 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부

[요약] 청구법인이 지식산업센터 입주자격을 갖춘 자에게 적법하게 분양한 것으로 볼 수 있고 이후 그 수분양자가 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다 하더라도 청구법인에게 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 이 건 지식산업센터의 신축과 분양에 대한 청구법인의 책임과 한계를 넘어서는 것으로 보이므로 청구법인이 이 건 지식산업센터를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세를 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단(조심 2022지129, 2022.4.12., 같은 뜻임)됨.

[결정유형] 취소

[참조결정] 조심 2022지129, 조심 2022지744, 조심 2021지744, 조심 2021지745

[주문]

OOO이 2022.10.20. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.12.15. OOO 토지(이하 “이 건 제①토지”라 한다)를 취득하고, 그 지상에 2020.9.28. 지식산업센터용 건축물(이하 “이 건 제①건축물”라 하고, 이 건 제①토지와 함께 “AAA 지식산업센터”라 한다)을 신축하였으며, 2013.9.2. OOO토지(이하 “이 건 제②토지”라 한다)를 취득하고, 그 지상에 2016.5.3. 지식산업센터용 건축물(이하 “이 건 제②건축물”이라 하고, 하고, 이 건 제②토지와 함께 “BBB 지식산업센터”라 하며, AAA 지식산업센터와 함께 “이 건 지식산업센터”라 한다)을 신축하였으며, 취득 당시의 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 “사업시설용”이라 한다)에 대해서 「지방특례제한법」제58조의2 제1항 제1호(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)를 적용하여 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 이 건 지식산업센터의 취득세 등 신고내역

(단위 : 원)

OOO

나. 이후, 처분청은 2022.8.24.~2022.9.6.의 기간 동안 세무조사를 실시하여 이 건 지식산업센터의 사용현황을 조사한 결과, 이 건 지식산업센터 중 29개 호실(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 수분양자들이 취득 후 취득세를 감면받지 아니하고 제3자에게 임대한 사실을 확인하고, 쟁점부동산은 「지방특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 나목(이하 “이 건 추징규정”이라 한다)에 따른 추징대상에 해당한다고 보아 2022.10.20. 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 추징규정은 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양·임대하는 경우 취득세를 감면한데 대해 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서 정한 입주가능 외의 업종으로 분양하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다는 규정인 바, 공권력을 가지지 아니한 일반 사인에 불과한 지식산업센터 설립자는 수분양자에 대한 지휘·감독 통제권을 갖지 아니하므로(대법원 2018.4.10. 선고 2017두74085 판결) ‘분양계약 당시 용도 외의 사용을 해서는 아니된다’는 취지의 문구를 입주자모집공고·분양계약서·분양조건 확약서·입주안내문에 기재하여 수분양자로 하여금 분양 후 입주가능 외의 업종으로 사용하는 것을 금지하였다면 충분히 자기의무를 이행한 것이고, 관련법에서 정한 방법과 절차에 따라 분양이 적법하게 종료한 후에는 그 후 입주가능업종이 아닌 다른 용도로 사용한 수분양자의 위반행위에 대한 책임은 오로지 수분양자의 몫일 뿐(조심 2022지744, 2022.1.25. 같은 뜻임) 청구법인에게 그 책임을 지울 수 없으므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 건 취득세 부과처분은 부당하다.

(1) 　청구법인은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따라 지식산업센터입주시설을 설립하고자 하는 자로서 관할관청의 설립승인(법 제13조)을 받았고, 입주자모집공고(안)을 작성하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 받아 입주자모집공고(법 제28조의4)를 하였으며, 입주자모집공고(안)에 ‘입주자의 자격 및 입주대상업종’을 기재(규칙 제26조)하는 등 이 건 지식산업센터 입주시설에 대하여 관련법령에서 정하는 절차에 따라 분양하였으므로 그에 따른 분양은 적법한 분양에 해당한다.

(2) 분양계약단계에서도 청구법인은 수분양자와 분양계약을 체결하면서 수분양자가 영위하거나 영위할 업종이 이 건 지식산업센터에 입주가능 업종인 경우 분양계약서를 작성하였고, 수분양자로부터 사업자등록증을 제공받아 사업자등록증의 업종 란을 검토하여 업종이 이 건 지식산업센터의 입주가능 업종인지를 확인하였고 한 발 더 나아가 청구법인이 제시하는 ‘본인(수분양자)은 OOO역 지식산업센터 입주업종 및 자격에 관하여 충분히 설명을 들었으며 이에 대하여 어떠한 이의도 제기하지 않습니다’라는 문구가 기재된 분양조건확약서를 수분양자에게 제공하고 설명한 후 이에 동의하여 서명날인을 하는 자에게만 분양을 하였다.

(3) 또한, 이 건 지식산업센터가 완공되어 입주 전 최종점검단계에서 입주안내문을 통해 다시 한번 입주 후에도 수분양자들이 입주가능업종을 영위해야 한다고 고지를 하였던 것이므로 청구법인은 관련법에서 요구한 적법한 분양을 한 것이며 당해 쟁점 규정의 입법취지를 고려하더라도 위 각 단계마다 행한 청구법인의 행위는 공권력을 갖지 못한 자로서 할 수 있는 최선의 방법이었다.

(4) 위에서 주장한바와 같이 청구법인은 지식산업센터 입주시설의 설립자로서 할 수 있는 법적의무를 철저하게 이행하여 수분양자들에게 적법한 분양을 완료하였다면 이는 ‘자기책임의 원칙’에 따라 입주가능업종을 영위하지 아니한 수분양자의 위반행위에 대한 책임은 오로지 수분양자의 몫일 뿐 청구법인에게 그 책임을 돌릴 수 없는바 청구법인이 기 감면받은 취득세는 추징대상에 해당하지 않는다.

(5) 한편, 조세심판원도 청구법인의 경우와 같은 사안에 대하여, 수분양자들에게 분양하면서 사업시설용으로 사용하는 것을 조건으로 한 것으로 확인되는 점 등을 이유로 인용 결정(조심 2021지744, 2022.1.25.)을 하였다.

따라서, 청구법인이 관련법에 따라 쟁점부동산을 사업시설용으로 분양한 이상 이 건 추징규정에 따른 추징처분은 허용될 수 없다.

나. 처분청 의견

이 건 추징규정을 둔 취지는 지식산업센터를 신축하였으나 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하거나 임대하는 경우에는 그 혜택을 부여하지 않으려 함이 분명하므로, 지식산업센터 설립자는 분양의 주체로서 분양과정에서 ① 입주가능 업종을 운영하는 자와 분양계약을 체결하였는지 여부, ② 분양계약을 체결한 자가 해당 부동산을 실제 사업시설용으로 사용하는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 입주가능시설 외 ‘다른 용도로 분양하는 경우’를 판단하여야 함이 타당(대법원 2018.10.25. 선고 2018두50031 판결, 같은 뜻임)한바, 청구법인이 지식산업센터 입주가능시설 외의 용도로 분양한 29개호에 대하여 감면된 취득세를 추징한 이 건 취득세 부과처분은 정당하다.

(1) “분양”이란 분양사업자가 신축 건축물을 판매하는 것이고 부동산의 판매는 등기를 하여야 종료되는 것으로 지식산업센터를 분양한다는 것은 청구법인과 수분양자가 분양계약을 체결하고 그 계약에 따라 소유권이전등기 후 입주가 완료되기까지의 일련의 과정을 통칭하는 것이다.

이 건의 경우와 같이 청구법인이 수분양자와 분양계약을 체결할 당시에는 수분양자가 쟁점부동산을 취득한 이후 실제 사용현황을 알 수 없을 뿐만 아니라 분양계약서는 어디까지나 청구법인과 수분양자들 간 당사자들의 합의에 따라 체결된 사법상 계약에 불과한 것이어서 언제든지 위배될 여지가 있다는 점(행정안전부 지방세특례제도과-798, 2020.4.8.)에서 관련법의 규정에 따라 입주자 모집공고를 하고 분양계약을 체결하면서 분양조건 확약서의 징구·입주안내문 등을 배포하였다는 사실만으로는 쟁점부동산을 사업시설용으로 분양하였다고 볼 수는 없다.

오히려 분양계약서상 ‘이로 인해 발생한 제반 불이익(감면세액 추징) 등은 수분양자가 감수해야 하며, 이로 인해 청구법인이 입은 손해에 대해서도 책임을 져야한다’고 규정하고 있는 것으로 볼 때, 청구법인이 ‘수분양자가 향후 입주가 불가능한 업종으로 입주하거나 임대할 수 있다’라는 가능성을 염두에 두고 그 의무 위반에 따른 불이익, 구체적으로는 청구법인이 감면받은 세액의 추징에 대하여 수분양자에게 책임을 묻도록 하고 있다.

(2) 대법원에서도 이 건 추징규정과 관련하여 ‘다른 용도로 분양하는 경우’에 해당하는지 여부는 수분양자의 지식산업센터 실제 이용 상황을 기준으로 ‘지식산업센터 입주가능시설 외의 용도’로 분양되었는지 여부에 따라 판단되어야 하는 것으로 봄이 타당하다‘고 명확히 판시(대법원 2018.10.25. 선고 2018두50031 판결)하였으므로, 단지 입주자를 모집하고 건물을 완공하여 수분양자에게 소유권이전을 해 줄 수 있는 상태라고 하더라도, 수분양자의 지식산업센터 실제 이용 상황에 따라 얼마든지 다른 용도로 분양하는 경우는 발생할 수 있다.

(3) 청구법인은 자기책임의 원칙을 언급하며 처분청의 주장이 부당하다고 주장하나, 청구법인은 지방세특례제한법 등 관련 법령에 의하여 자신의 조세를 감면받았고, 그에 따라 단순히 사인으로서의 계약 당사자 지위를 넘어 자신이 감면받은 조세 감면 요건이 충족되도록 입주 자격이 없는 자인지 여부를 실질적으로 확인하고, 자신이 입주 자격이 없는 자에게 분양하였음이 확인되는 경우 최소한의 필요한 조치(예컨대 상대방에 대한 이행최고 또는 분양계약 해제, 손해배상청구 등)를 하여야 할 책임을 부담한다고 보아야 한다.

또한, 쟁점부동산들은 청구법인이 수분양자들에게 취득세 감면신청에 대한 사전 안내를 하였음에도 수분양자들이 취득세 감면신청을 하지 않은 건으로 수분양자들은 애초 임대목적으로 쟁점부동산을 취득한 것이기에 취득세 감면신청조차 하지 않은 것으로 보임에도 청구법인은 이에 대한 확인조차 하지 아니한 것이다.

(4) 청구법인이 제시한 조세심판원의 선결정례들은 그 구체적 사실관계를 알 수 없을 뿐만 아니라 이 건의 경우 청구법인이 수분양자에게 시설용으로 사용하는 것을 ‘조건’으로 내세우기는 하였으나, 과연 청구법인의 주장만으로 ‘시설용으로 사용하는 것을 조건으로 하여 분양한 것’이라고 평가할 수 있을지도 매우 의문이므로 이 건 취득세 부과처분이 조세심판원 선결정례의 결정취지에 배척된다는 사유로 부당하다고 단정할 수는 없다.

따라서, 수분양자의 업종 및 사용현황, 관련 판례 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 사업시설용으로 분양한 것으로 보기 어렵다고 판단하여 이 건 취득세를 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

지식산업센터용으로 분양하기 위하여 취득한 쟁점부동산을 수분양자들에게 다른 용도로 분양하였다고 보아 이 건 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) AAA 지식산업센터와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 2017.12.14. 관리기관인 OOO으로부터 지식산업센터 설립승인을 받은 후 2017.12.15. 이 건 제①토지를 취득하였으며, 2020.9.28. 그 지상에 지식산업센터용으로 건축물을 신축하여 이 건 제①건축물을 취득하였다.

2) 청구법인은 이 건 제①토지 및 제①건축물을 취득하면서 각 취득당시 시행중인 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에 따른 감면을 적용하여 취득세 등을 신고하였다.

(나) BBB 지식산업센터와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 2013.8.30. 서울특별시 BBB구청장으로부터 지식산업센터 설립승인을 받은 후 2013.9.2. 이 건 제②토지를 취득하였으며, 2016.5.3. 그 지상에 지식산업센터용으로 건축물을 신축하여 이 건 제②건축물을 취득하였다.

2) 청구법인은 이 건 제②토지 및 제②건축물을 취득하면서 각 취득당시 시행중인 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에 따른 감면을 적용하여 취득세 등을 신고하였다.

(다) 이 건 지식산업센터의 분양과정에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 서울특별시 AAA구청장 및 BBB구청장이 승인한 이 건 지식산업센터의 입주자 모집공고(안)을 보면, 청구법인은 이 건 지식산업센터를 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5, 같은 법 시행령 제6조 및 제36조의4의 규정에 의한 입주자격을 갖춘 업체에게 분양하는 것으로 기재되어 있다.

＜ 이 건 지식산업센터 입주자 모집공고(안) ＞

2) 청구법인이 제출한 분양계약서 등에 의하면, 청구법인은 이 건 지식산업센터 분양계약을 체결하면서 수분양자들이 영위할 업종을 기재하고 사업자등록증 및 이 건 지식산업센터를 입주업종 외의 용도로 사용하지 아니하겠다는 취지의 확약서를 제출받은 것으로 확인되며, 그 주요내용은 아래와 같다.

＜ AAA 지식산업센터 분양계약서 주요내용 ＞

＜ BBB 지식산업센터 분양계약서 주요내용 ＞

＜ BBB 지식산업센터 수분양자가 작성한 확약서 ＞

OOO

＜ BBB 지식산업센터 분양업무 관련자의 사실확인서 ＞

OOO

3) 쟁점부동산 중 AAA 지식산업센터의 수분양자들은 아래와 같이 관리기관인 OOO공단과 입주계약을 체결한 것으로 확인OOO된다.

＜ AAA 지식산업센터 입주계약 현황 ＞

OOO

4) 청구법인은 이 건 지식산업센터의 신축 후 수분양자들이 잔금을 지급하고 입주하는 단계에서 수분양자에게 입주안내문을 배포하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서 정한 용도 외로 사용할 수 없음을 고지한 것으로 나타난다.

＜ 입주시 배포한 입주안내문 ＞

(라) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 청구법인으로부터 쟁점부동산을 분양받은 수분양자들이 그 부동산을 사업시설용으로 사용하지 아니하고 아래 ＜표2＞ 및 ＜표3＞과 같이 OOO 등 22개 업체에 임대한 사실을 확인하였고, 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 나목의 추징대상에 해당한다고 보아 2022.10.20. 취득세 등 합계 OOO원을 청구법인에게 부과·고지하였다.

＜표2＞ AAA 지식산업센터 현황조사 내역

OOO

＜표3＞ BBB 지식산업센터 현황조사 내역

OOO

(마) 청구법인은 수분양자들과 분양계약을 체결하면서 징구한 사업자등록증상 업태 및 업종이 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서 입주업종에 해당한다는 취지의 소명자료를 제출하였다.

＜표4＞ AAA 지식산업센터 수분양자 업종관련

OOO

＜표5＞ BBB 지식산업센터 수분양자 업종관련

OOO

(바) 처분청은 청구법인이 분양계약 체결 시점에 수분양자의 사업자등록증상의 입주가능 업종 기재여부만을 형식적으로 확인했을 뿐, 추후 취득(등기)시점 또는 입주시점에 수분양자들이 사업시설로 입주하는지 여부를 실질적으로 확인하지 않았다는 의견이며 처분청이 제시한 주요 추징 사례는 아래와 같다.

＜ 주요 추징 사례 ＞

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우를 규정하고 있다.

지식산업센터의 설립자에 대한 감면규정은 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양하거나 임대하고자 하는 자에게 세제 혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 지식산업센터를 원활하게 설립할 수 있도록 지원하려는 것으로서, 지식산업센터를 신축하였으나 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하거나 임대하는 경우에도 그 혜택을 주려는 취지가 아님이 분명하다 할 것(대법원 2018.4.10. 선고 2017두74085 판결)이다.

(나) 처분청은 지식산업센터 설립자인 청구법인이 분양의 주체로서 쟁점부동산을 사업시설용으로 직접 사용할 자에게 분양하여야 하나 실제 수분양자들이 분양받아 취득한 쟁점부동산의 다수 호실에서 잔금지급 후 근시일 내 제3자에게 임대하는 등의 행위가 이루어진 것으로 확인되는바, 분양과정에서 형식적인 자격요건을 갖춘 자와 입주계약을 체결하고 사업시설용 외 용도로 사용하지 아니한다는 취지의 확약서를 제출받은 것만으로는 청구법인이 이를 다른 용도로 분양하지 않았다고 보기 어렵다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 지식산업센터 설립승인을 받고 이 건 지식산업센터를 신축하여 그 수분양자들에게 분양하면서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 입주자격을 갖춘 자를 대상으로 해당 시설을 사업시설용으로 사용하는 것을 조건으로 하여 분양한 것으로 확인되는바 이 건 지식산업센터 설립자인 청구법인이 쟁점부동산을 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하였다고 보기는 어렵다.

또한, 분양 후 사후적으로 발생하는 사유로 인하여 지식산업센터 설립자에게 부여했던 감면혜택까지 추징하는 것은 그 설립자의 관리·의무의 범위를 벗어나는 것이라서 불합리해 보이는 바(조심 2021지745, 2021.10.20. 외 다수, 같은 뜻임), 이 건의 경우 수분양자들이 분양계약체결 이후 입주자격 업종을 영위하지 않게 되었다거나 잔금지급 이전에 제3자와 임대차계약을 체결함으로써 쟁점부동산 취득시점에 이미 수분양자들이 직접 사업시설용으로 사용할 수 없었던 상태에 이르렀다기보다는 수분양자들이 분양대금의 잔금을 지급하고 쟁점부동산을 취득한 뒤 직접 사용하지 아니하고 사업시설용으로 사용하지 않을 제3자에게 임대함에 따라 해당 부동산이 사업시설용이 아닌 용도로 사용된 것으로 이는 수분양자들이 잔금을 지급한 이후 발생한 사정일 뿐이므로 이를 근거로 분양자인 청구법인이 ‘다른 용도’로 분양하였다고 단정하기는 어려워 보인다.

따라서, 청구법인이 지식산업센터 입주자격을 갖춘 자에게 적법하게 분양한 것으로 볼 수 있고 이후 그 수분양자가 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다 하더라도 청구법인에게 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 이 건 지식산업센터의 신축과 분양에 대한 청구법인의 책임과 한계를 넘어서는 것으로 보이므로 청구법인이 이 건 지식산업센터를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세를 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단(조심 2022지129, 2022.4.12., 같은 뜻임)된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정된 것)

○ 지방세특례제한법 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 7및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정된 것)

○ 지방세특례제한법 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

부칙

○ 제10조(지식산업센터에 대한 경감세율 특례) 제58조의2 제1항에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다.

(3) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부개정된 것)

○ 지방세특례제한법 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

13. “지식산업센터”란 동일 건축물에 제조업, 지식산업 및 정보통신산업을 영위하는 자와 지원시설이 복합적으로 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4(지식산업센터의 분양) ① 지식산업센터를 설립한 자가 지식산업센터를 분양 또는 임대하려는 경우에는 공장건축물 착공 후 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 모집공고안을 작성하여 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아 공개로 입주자(지식산업센터를 분양 또는 임대받아 제조업이나 그 밖의 사업을 하는 자를 말한다. 이하 같다)를 모집하여야 한다. 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설

2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의6(지식산업센터의 관리) ① 지식산업센터는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 관리한다.

1. 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」에 따른 구분소유관계가 성립하는 경우: 같은 법 제23조 제1항에 따른 관리단

2. 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」에 따른 구분소유관계가 성립하지 아니하는 경우: 지식산업센터를 설립한 자

② 제1항 제1호에 따른 관리단은 관리단이 구성된 날부터 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제28조 제1항에 따른 규약을 정하여 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 중요 사항을 변경한 경우에도 또한 같다.

③ 제2항에 따라 신고를 받은 시장ㆍ군수 또는 구청장은 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 관리기관에게 신고내용을 통보하여야 한다.

④ 제1항 각 호에 따라 지식산업센터를 관리하는 자(이하 “관리자”라 한다)의 업무 범위는 산업통상자원부령으로 정한다.

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의7(입주자 등의 의무) ① 지식산업센터의 입주자 또는 관리자는 다음 각 호의 행위를 하여서는 아니 된다.

3. 제28조의5 제1항에 따른 입주대상시설이 아닌 용도로 지식산업센터를 활용하거나 입주대상 시설이 아닌 용도로 활용하려는 자에게 지식산업센터의 전부 또는 일부를 양도ㆍ임대하는 행위

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의8(의무위반에 대한 조치 등) 시장ㆍ군수 또는 구청장은 입주자 또는 관리자가 제28조의7에 따른 의무를 준수하지 아니하여 지식산업센터의 안전에 위해를 끼치거나 다른 업체의 생산활동에 지장을 주는 등 지식산업센터의 안전을 해치거나 제28조의5 제1항에 따른 입주대상시설 외의 용도로 활용하는 경우에는 상당한 기간을 정하여 그 시정을 명하거나 대통령령으로 정하는 바에 따라 지식산업센터의 안전확보 등을 위하여 필요한 조치를 할 수 있다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업

2. 그 밖에 특정 산업의 집단화와 지역경제의 발전을 위하여 다음 각 목의 구분에 따라 지식산업센터에의 입주가 필요하다고 인정하는 사업

가. 산업단지 안의 지식산업센터의 경우: 법 제2조 제18호에 따른 산업에 해당하는 사업으로서 관리기관이 인정하는 사업

나. 산업단지 밖의 지식산업센터의 경우: 시장ㆍ군수 또는 구청장이 인정하는 사업

(6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙 제26조의3(지식산업센터의 관리 등) ① 법 제28조의6 제2항 전단에서 “산업통상자원부령으로 정하는 기간”이란 2개월을 말한다.

② 법 제28조의6 제2항에 따른 규약에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 입주자의 권리 및 의무에 관한 사항

2. 관리기구의 선정 및 관리기구 구성원의 인사ㆍ보수 등 관리기구의 운영에 관한 사항

3. 관리운영의 책임 및 범위에 관한 사항

4. 공동시설의 유지ㆍ보수ㆍ대체 및 개량에 관한 사항

5. 공동부담금의 징수절차 및 방법에 관한 사항

6. 건축물의 안전관리 및 하자보수에 관한 사항

7. 그 밖에 지식산업센터의 관리 및 유지를 위하여 필요한 사항

③ 법 제28조의6 제2항 후단에서 “산업통상자원부령으로 정하는 중요사항”이란 제2항 제1호ㆍ제3호 및 제6호에 해당하는 사항을 말한다.

④ 법 제28조의6 제3항에서 “산업통상자원부령으로 정하는 기간”이란 신고를 받은 날부터 10일을 말한다.

⑤ 법 제28조의6 제4항에 따른 지식산업센터를 관리하는 자(이하 “관리자”라 한다)의 업무 범위는 다음과 같다.

1. 지식산업센터의 공유부분, 지식산업센터 입주자의 공동소유인 부대시설 및 지원시설(일반에게 분양되는 것은 제외한다)의 유지ㆍ보수 및 안전관리

2. 지식산업센터의 경비ㆍ청소 및 쓰레기수거

3. 관리비, 사용료, 특별수선충당금 등 부담금의 징수ㆍ보관ㆍ예치 및 회계관리

4. 공과금의 납부대행

5. 입주 및 가동 현황과 그 변동에 관한 사항의 관리

6. 그 밖에 규약으로 정한 사항의 집행

문화재를 개수한 경우 취득세 과세대상에 해당하는지 여부

 부동산을 원시취득 또는 유상 및 무상으로 승계취득한 경우 취득세 과세대상에 해당합니다. 건축물을 리모델링 또는 개수하는 경우에도 취득세 과세대상에 해당합니다. 개수는 대수선을 포함한 건축물의 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부 형태를 수선·변경하거나 증설하는 등을 의미합니다.

 지정문화재도 등록된 건축물을 개수한 경우에도 취득세 과세대상에 해당할까요?

 행정안전부 예규에 따르면 문화재의 경우에는 문화재라는 건축물 특성상 제반 의무에 대하여 건축법 적용을 배제하고 문화재법에 따른 적용을 받도록 한 것이며, 취득세 과세대상으로서의 건축법상 개수의 의미는 개수행위 자체를 한정하므로 문화재보호법에 따른 지정문화재도 건축물의 개수(대수선), 증축에 대해서는 취득세 과세대상에 해당한다고 유권해석하고 있습니다.

※ 「지방세법」 9조에 취득세를 비과세 하는 경우를 열거하고 있습니다. 현재 해당 규정에는 지정문화재로 등록된 건축물을 개수한 경우는 포함하지 않고 있습니다.

>>관련 예규<<

부동산세제-4050(2022.12.12)

[제목] 문화재 개수 관련 취득세 과세대상 여부

[요약] 문화재의 경우에는 문화재라는 건축물 특성상 제반 의무에 대하여 건축법 적용을 배제하고 문화재법에 따른 적용을 받도록 한 것이며, 취득세 과세대상으로서의 건축법상 개수의 의미는 개수행위 자체를 한정하므로 문화재보호법에 따른 지정문화재도 건축물의 개수(대수선), 증축에 대해서는 취득세 과세대상임

[질의]

○ 문화재보호법에 따른 지정문화재도 등록된 건축물의 개수(대수선), 증축에 대한 취득세 과세대상 여부

[회신]

○ 「지방세법」제6조 제1호에서 “취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다”고 규정하고

- 같은 조 제6호 가목에서 “개수”란 「건축법」제2조 제1항 제9호에 따른 대수선이 포함된다고 정의하고 있으며, 여기서 대수선은 건축물의 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부 형태를 수선·변경하거나 증설하는 등을 의미하며,

- 「건축법」제3조 제1항 제1호에서 「문화재보호법」에 따른 지정문화재나 임시지정문화재에 해당하는 건축물에는 이 법을 적용하지 아니한다고 규정하고 있습니다.

○ 취득세는 취득행위에 대해 담세력을 인정하여 부과하는 조세로서, 지방세법에서 취득세 과세대상을 규정하면서 지목변경이나 개수의 경우 토지나 건축물에 일정 행위를 통해 가치를 더한 경우에 이를 취득으로 간주하고 있습니다.

- 건축법에서 건축물의 개수를 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부 형태를 수선 또는 변경, 증설하는 것으로 규정하고 있고, 지방세법에서는 이러한 건축법상 개수에 대한 개념을 차용한 것으로 볼 수 있습니다.

○ 건축법은 공공의 이익을 위해 건축물의 건축(신축·증축 등), 개수(대수선) 등의개념과 그러한 행위에 대해 일정한 인·허가 절차와 의무 등 제반사항을 정하고 있으며,

- 문화재의 경우에는 문화재라는 건축물 특성상 제반 의무에 대하여 건축법 적용을 배제하고 문화재법에 따른 적용을 받도록 한 것으로,

- 취득세 과세대상으로서의 건축법상 개수의 의미는 개수행위 자체를 한정하여 지방세법상 취득세 과세대상으로 보는 것이 타당하다고 판단됩니다.

- 따라서, 문화재보호법에 따른 지정문화재도 건축물의 개수(대수선), 증축에 대해서는 취득세 과세대상이라고 사료됩니다.

○ 이는 질의 당시 취득 사실관계만을 바탕으로 판단한 해석으로서 과세권자인 해당 자치단체에서 구체적인 사실관계를 확인한 후 최종 결정할 사안입니다.

기존주주가 유상감자에 따른 과점주주가 되는 경우 간주취득세 납세의무가 있는지요?

 법인의 지분을 취득하여 과점주주가 되는 경우 법인 자산 중에 취득세과세대상 자산에 대해 과점주주는 간주취득세 신고납부를 해야 합니다.

 과점주주이면 무조건 간주취득세를 신고납부 대상에 해당하는 것은 아닙니다. 법인을 설립할 때 출자로 과점주주가 된 경우에는 간주취득세 대상에 해당하지 않습니다.

 법인이 설립 이후에 유상감자를 하기로 결정했습니다. 주주 중에 일부 주주는 유상감자가 참여했고, 그 외의 주주는 유상감자가 참여를 하지 않했습니다. 유상감자에 참여하지 않은 주주는 지분비율이 증가하여 과점주주가 되었습니다. 이 경우 과점주주가 된 주주는 간주취득세 대상에 해당할까요?

 법인의 기타 주주들이 유상감자를 함에 따라 기존주주가 주식 또는 지분의 취득 없이 지분율 상승으로 과점주주가 되는 경우, 주식등의 취득행위가 없으므로 간주취득세 납세의무가 성립하지 않습니다.

>>관련 예규<<

부동산세제-2606(2024.07.30)

[제목] 유상감자에 따른 과점주주 간주취득세 납세의무 발생 여부에 관한 회신

[요약] 법인의 기타 주주들이 유상감자를 함에 따라 기존주주가 주식 또는 지분의 취득없이 지분율 상승으로 과점주주가 되는 경우 주식등의 취득행위가 없으므로 간주취득세 납세의무가 성립하지 않음.

[질의]

○ 법인의 기타 주주들이 유상감자를 하여 기존 주주 지분율이 증가됨에 따라 과점주주가 되었을 때 간주취득세 납세의무 발생 여부

[회신]

○「지방세법」제6조제1호에 따르면 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말하는 것이며,

- 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세이자 취득행위를 과세객체로 하여 세금을 부과하는 행위세입니다(헌법재판소 2017헌바474, 2020.8.28.).

○ 또한, 같은 법 제7조제5항에 따르면 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 되었을 때에는 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보며,

- 같은 법 시행령 제11조제2항에 따르면 해당 법인의 주식 등을 취득하여 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과하는 것입니다.

○ 한편, 대법원에서도 법인이 자기주식을 취득하여 소각함에 따라 기존 주주의 지분율이 증가되어 기존 주주가 과점주주로 된 사안에 대해,

- 기존 주주는 법인이 자기주식을 취득하여 소각함에 따라 그 지분비율이 증가하여 과점주주가 된 것일 뿐 기존 주주가 주식을 취득하는 어떠한 행위가 있다고 보기 어렵다는 점에서 과점주주 간주취득세 대상에 해당하지 않는다고 판시(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8669 판결)한 바 있습니다.

○ 기존 유권해석 사례에서도 법인의 기타 주주들이 무상감자를 함에 따라 기존 주주들의 지분율이 증가되어 과점주주가 된 경우에는 주식 등의 취득행위가 없으므로 간주취득세 납세의무가 성립되지 않는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단하였습니다(부동산세제과-2867, 2023.8.1.).

○ 따라서 본 질의와 같이 법인의 기타 주주들이 유상감자를 함에 따라 기존 주주가 주식 또는 지분의 취득 없이 지분율이 증가되어 과점주주가 된 경우에는 주식등의 취득행위가 없으므로 간주취득세 납세의무가 성립되지 않은 것으로 보는 것이 타당할 것으로 판단됩니다.

- 다만, 이 질의서에 기재된 사실관계를 토대로 판단한 해석이므로 이에 해당하는지의 여부는 해당 자치단체에서 최종 판단해야 할 사항입니다.

법인세의 경정이 없이 법인지방소득세의 경정을 할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 것이 타당한지 여부

 과거에는 법인세 또는 소득세의 10%을 주민세로 납부를 하였습니다. 2011년에 지방세법이 개정되면서 지방소득세가 신설이 되어 지방소득세는 독립세로 신고납부를 하고 있습니다. 법인은 관할 세무서에 법인세 신고 여부와 관계없이 지자체에 지방소득세를 신고납부를 해야 합니다.

 법인이 자회사로부터 배당을 받은 경우 수입금액익금불산입 규정을 적용받을 수 있습니다. 법인이 자회사로부터 배당을 받아 수입금액에 반영을 하고 수입금액익금불산입을 하지 않은 채로 법인세와 지방소득세를 신고납부 하였습니다. 법인은 배당금에 대해 수입금액익금불산입을 적용하여 지자체에 지방소득세 경정청구를 했지만, 지자체는 법인세의 경정 없다는 이유로 해당 경정청구에 대해 반려를 했습니다.

 지자체가 법인세의 경정이 없이 지방소득세를 경정을 할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 것이 타당할까요?

 조세심판원은 심판례에서 법인세의 과세표준이 경정되지 아니하였다 하더라도 그 과세표준에 오류 또는 누락이 있다면 납세지 관할 지방자치단체의 장이 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 과세표준 및 세액을 결정·경정할 수 있고, 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 수입배당금의 익금불산입과 관련한 청구법인의 법인세 과세표준 및 경정청구금액 산정 내역에 달리 잘못이 없는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단하였습니다.

>>관련 심판례<<

조심2023지4145(2024.03.26)

[제목] 법인세의 경정이 없이 법인지방소득세의 경정을 할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 처분의 당부

[요약] 법인세의 과세표준이 경정되지 아니하였다 하더라도 그 과세표준에 오류 또는 누락이 있다면 납세지 관할 지방자치단체의 장이 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액을 법인지방소득세의 과세표준으로 하여 과세표준 및 세액을 결정·경정할 수 있다 할 것인바, 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 수입배당금의 익금불산입과 관련한 청구법인의 법인세 과세표준 및 경정청구금액 산정 내역에 달리 잘못이 없는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[결정유형] 취소

[주문]

서울특별시 영등포구청장이 2023.4.27. 청구법인에게 한 법인지방소득세에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 아스팔트 도매업 및 건물 임대업을 영위하는 법인으로, 자회사인 OOO 주식회사로부터 받은 수입배당금 OOO원을 익금에 포함하여 2018.3.31. 2017사업연도 법인세를, 2018.4.30. 2017사업연도 법인지방소득세를 각 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2023.4.24. 위의 수입배당금 OOO원에 대하여 「법인세법」 제18조의3 및 같은 법 시행령 제17조의3에 따라 계산한 금액인 OOO원이 익금불산입 대상이므로 2017사업연도 법인지방소득세 OOO원을 환급하여달라는 경정청구를 제기하였으나(법인세는 경정청구 기한이 경과하였음), 처분청은 법인세 과세표준이 경정되지 아니한 이상 법인지방소득세를 경정할 수 없다는 이유로 2023.4.27. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 법인세 과세표준이 경정되지 아니한 이상 법인지방소득세를 경정할 수 없다는 의견이나, 2014년도부터 지방세 과세체계를 개편하여 독립세로 전환하였다는 사실에는 다툼의 여지가 없고, 청구법인은 경정청구 기한이 경과하여 법인세 경정청구를 하지 못하였을 뿐, 법인세 경정청구 내용은 관련 세법 등에 의하여 적법하게 경정 가능한 것이다.

「지방세법」 제103조의25 제1항은 ‘납세지 관할 지방자치단체의 장은 내국법인의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제103조의15 제1항은 ‘납세지 관할 지방자치단체의 장은 법 제103조의25에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 장부나 그 밖에 증명서류에 의한 실지조사에 따름을 원칙으로 한다.’고 규정하고 있는바,

위 규정은 세무서장이나 지방국세청장이 결정·경정한 자료 외에도 지방자치단체의 장이 ‘과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 장부나 그 밖에 증명서류에 의한 실지조사에 따라’ 법인지방소득세를 경정할 수 있다고 해석된다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

「지방세법」 제103조의19 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다.’라고 규정하고 있고, 같은 법 제103조의25 제3항은 ‘납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 자료, 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 장부나 그밖에 증명서류에 의한 실지조사에 따름을 원칙으로 한다.’라고 규정하고 있다.

이에 따라 법인지방소득세의 과세표준은 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 하고 있으며, 그 과세표준이 되는 국세의 부과처분이 권한 있는 기관에 의하여 결정 또는 경정되기 전까지는 유효한 것이다. 따라서 법인세 과세표준과 세액을 경정한 사실이 확인되지 않는 이상 청구법인이 신청한 법인지방소득세 경정청구는 그 과세표준의 변동에 대한 실질적인 확인이 어렵기 때문에 처분청의 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인세의 경정이 없이 법인지방소득세의 경정을 할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

○ 지방세법 제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

○ 지방세법 제103조의25(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 내국법인이 제103조의23에 따른 신고를 하지 아니한 경우

2. 제103조의23에 따른 신고를 한 내국법인의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

(2) 지방세법 시행령

○ 지방세법 시행령 제100조의15(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법 제103조의25에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 장부나 그 밖에 증명서류에 의한 실지조사에 따름을 원칙으로 한다.

(3) 법인세법

○ 법인세법 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80<「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100>을 한도로 한다.

○ 법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.

○ 법인세법 제18조의3(수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2를 적용받는 수입배당금액은 제외한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식총수 또는 출자총액 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.

2. 내국법인이 제1호에서 정한 비율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액

3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호를 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액

② 제1항은 제18조의2 제2항 각 호에 따른 수입배당금액에 대하여는 적용하지 아니한다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 출자 비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 법인세법 시행령

○ 법인세법 시행령 제17조의3(일반법인의 수입배당금액의 익금불산입) ① 법 제18조의3 제1항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 다른 내국법인에 출자한 비율은 출자받은 내국법인의 배당기준일 현재 3월 이상 계속하여 보유하고 있는 주식등을 기준으로 계산한다. 이 경우 보유 주식등의 수를 계산함에 있어서 동일 종목의 주식등의 일부를 양도한 경우에는 먼저 취득한 주식등을 먼저 양도한 것으로 본다.

② 법 제18조의3 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 차입금 및 그 차입금의 이자에는 제55조의 규정에 의하여 이미 손금불산입된 금액이 포함되지 아니하는 것으로 한다.

③ 법 제18조의3 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 차입금의 이자에 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액의 합계액이 제4호의 규정에 의한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 말한다.

1. 법 제18조의3 제1항 제1호 본문의 규정을 적용받는 다른 내국법인의 주식등의 장부가액의 합계액×100분의 50

2. 법 제18조의3 제1항 제1호 단서의 규정을 적용받는 다른 내국법인의 주식등의 장부가액의 합계액×100분의 100

3. 법 제18조의3 제1항 제2호의 규정을 적용받는 다른 내국법인의 주식등의 장부가액의 합계액×100분의 30

4. 해당 내국법인의 사업연도종료일 현재 재무상태표상의 자산총액

④ 법 제18조의3 제1항 각 호 외의 부분 중 비영리내국법인은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 한정한다.

⑤ 제3항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 내국법인의 주식등의 가액 및 자산총액은 적수로 계산한다.

⑥ 법 제18조의3 제1항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 수입배당금액명세서를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(5) 국세기본법

○ 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래<「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다>의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

○ 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 수입배당금의 익금불산입과 관련한 청구법인의 경정청구금액 산정 내역은 ＜표＞와 같고, 청구법인은 금액 산정과 관련하여 청구법인과 OOO주식회사의 재무상태표, 손익계산서, 청구법인의 법인세 세무조정계산서 등의 증빙을 제출하였는바, 위의 증빙 및 「법인세법」 제18조의3 및 같은 법 시행령 제17조의3의 규정 등에 따르면 청구법인의 경정청구금액 산정과정에 달리 잘못은 없는 것으로 보인다.

＜표＞ 경정청구금액 산정 내역

(단위 : 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세법」 제103조의19 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제103조의25 제3항은 ‘납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다’고 규정하고 있다.

「지방세법」 제103조의25 제3항의 규정은 납세지 관할 지방자치단체의 장이 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 결정·경정한 자료 외에도 지방자치단체의 장이 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 법인지방소득세의 과세표준 및 세액을 결정·경정할 수 있다는 의미인 것으로 판단되고, 이러한 취지에서 보면 같은 법 제103조의19 제1항과 제103조의25의 규정은 법인세의 과세표준이 경정되지 아니하였다 하더라도 그 과세표준에 오류 또는 누락이 있다면 납세지 관할 지방자치단체의 장이 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액을 법인지방소득세의 과세표준으로 하여 과세표준 및 세액을 결정·경정할 수 있다는 의미로 해석하여야 할 것이다.

이 건의 경우 청구법인이 법인지방소득세의 경정청구를 제기한 2023년 4월에는 2017사업연도 법인세의 경정청구 기한 및 부과제척기간이 이미 경과하여 법인세의 과세표준이 경정되기 어려운 상황이나, 앞서 살펴본 바와 같이 법인세의 과세표준이 경정되지 아니하였다 하더라도 그 과세표준에 오류 또는 누락이 있다면 납세지 관할 지방자치단체의 장이 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액을 법인지방소득세의 과세표준으로 하여 과세표준 및 세액을 결정·경정할 수 있다 할 것인바, 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 수입배당금의 익금불산입과 관련한 청구법인의 법인세 과세표준 및 경정청구금액 산정 내역에 달리 잘못이 없는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.